На счету Юрия Стоянова три брака. Настоящее семейное счастье он нашел с супругой Еленой. В 2003 году женщина родила артисту дочь Екатерину. Юрий Николаевич принял активное участие в воспитании двух падчериц — детей Елены от предыдущих отношений. Для звезды девочки стали родными.
Первой избранницей Стоянова стала искусствовед по имени Ольга. Она подарила молодому актеру двух сыновей: в 1978 году родился — Николай, а в 1980 году — Алексей. Семью артист оставил, когда младшему ребенку было всего три года.
Свою вину Стоянов не отрицает, но заслужить прощение у взрослых детей он так и не смог. «Я не имею права об этом говорить. Это просто касается не меня, это касается другой семьи и других людей. Я несу за это ответственность хотя бы за это», — рассказал Юрий Николаевич в интервью на YouTube-канале Надежды Стрелец.
Воспитанием мальчиков занимался другой мужчина. По мнению Стоянова, он отлично справился с этой задачей.
«Их очень хорошо воспитали. Их воспитал порядочный, хороший человек. Они получили замечательное образование. И поэтому я не даю никаких комментариев, потому что это может затронуть другую семью, к которой я не имею отношения и не имею права в это лезть. Они не были несчастными детьми, с папой-алкоголиком или кем-то еще. Замечательный человек их воспитал и вырастил, выкормил и на ноги поставил. Но это не я», — пояснил актер.
В те годы Юрий Стоянов служив в Большом драматическом театре (БДТ). Актер отметил, что уход из семьи тогда сказался и на его работе.
«Георгий Александрович Товстоногов воспитал двоих сыновей сам, при живой жене. И вот у него приходит молодой парень, который уходит из семьи, в которой есть двое детей. Мне почему-то кажется, он должен был меня возненавидеть за это», — вспомнил звезда «Городка».